Im Allgemeinen sind Pilze in Hochbeeten nicht schlecht, aber beim Entfernen muss man darauf achten, dass der oberirdische Fruchtkörper nur ein Teil einer versteckten Lebensform ist, denn der eigentliche Pilz befindet sich unter der Erde und ist mit bloßem Auge nicht zu erkennen, so dass die Pilze immer wieder auftauchen können.
Pilze können bereits in der Anzuchterde, aber auch im Blumentopf, im Beet oder im anorganischen Dünger vorkommen, wobei sie über Pilzsporen auf im Boden verarbeiteten Holzfasern oder Holzstücken in das Beet gelangen. Aber auch zu feuchte Böden, zum Beispiel durch Staunässe oder starke Regenfälle, können vorhandene Sporen zum Gedeihen bringen, während sehr nährstoffreiche Böden ebenfalls ein guter Nährboden für Pilze sind. Pilze ernähren sich von organischen Stoffen in ihrer Umgebung, so dass Pilze grundsätzlich wichtige Helfer bei der Bodenvorbereitung sind, und zwar nicht nur in Hochbeeten. Sie haben in der Natur eine wichtige Funktion als Sekundärzersetzer, d. h. sie ernähren sich von abgestorbenen organischen Stoffen wie Laub, Fäkalien, Kadavern und ähnlichem und verbessern dabei die Bodenqualität.
Auch wenn die meisten Pilze im Hochbeet nicht essbar sind und sogar giftig sein können, haben sie im Prinzip keinen Einfluss auf das angebaute Gemüse, weder wenn sie sich im Beet befinden, noch durch das Pilzgeflecht, noch wenn sie das Gemüse berühren.