Die biologische Pflanzenzucht aus eigenem Anbau ist besonders gut für ein Hochbeet auf dem Balkon oder der Terrasse geeignet, denn schon im Februar kann die Vorkultivierung beginnen. In regional günstigen Lagen kann man dafür eine Frühbeet-Hochbeet-Kombination nutzen. Für die biologische Anzucht von Pflanzen benötigt man einen Komposter und einen Schredder, um sich aus ökologischer Sicht auch die Fahrten zur öffentlichen Kompostierungsanlage zu ersparen. So kann man aber auch sicher sein, woher der Kompost und die Erde stammen, bzw. dass der Boden für das Hochbeet nicht von Pestiziden und anderen Dingen belastet ist. Bei frühzeitigen Aussaaten ist die Fensterbank nach wie vor bestens geeignet, und je nach regionaler Lage kann man die Aussaat und weitere Kultivierung von Februar bis April schon im foliengeschützten Frühbeet einplanen.
Mit einer solchen Frühbeet-Hochbeet-Kombination erhalten die Saaten den benötigten Schutz gegen kalte Nächte, und steigen dann die Temperaturen weiter an, kann der Frühbeetaufsatz entsprechend der Intensität der Sonneneinstrahlung geöffnet werden. Biologische Pflanzenzucht bedeutet auch die Einhaltung bestimmter Fruchtfolgen, wobei eine durchdacht geplante Bepflanzung der Hochbeete berücksichtigt, dass das Nährstoffangebot ist im ersten Jahr nach der Neuanlage derart hoch, dass schwach zehrende Sorten wie Fenchel, Zuckererbsen oder Rettich zu sehr ins Kraut schießen würden. In der ersten Saison sind vielmehr Starkzehrer wie Kohl, Sellerie oder Lauch die bessere Wahl. Ihnen folgen im zweiten und dritten Jahr des Hochbeetes Gurken und Salatsorten.
Aber auch die Sortenzusammensetzung ist ausschlaggebend für den Ernteerfolg, denn Gurken sind unverträglich mit Tomaten und Buschbohnen, diese werden hingegen von Zwiebeln beeinträchtigt. Schwache Pflanzen bringen auch nur unzureichende Erträge und sind häufig Opfer von Pflanzenschädlingen.
Eine gründliche Vorbereitung und Beachtung der Fruchtfolgen die biologische Pflanzenzucht ist daher über fünf bis sechs Jahre notwendig, bis dann ist eine völlige Neubefüllung erforderlich und der Hochbeet-Zyklus aufs Neue beginnen kann.